別に大丈夫
6部とのかかわりという点だと3部を見ておくとより楽しめるかなって感じです。ジョースター家の運命的な意味では1部から見ていくと、よりのめり込めると思うのでこの辺は好みですかね。
3部はスケールも大きくて人気ですが、4クールあります。お時間と相談しながら楽しんでください!