清掃が業務であることを伝え、社でどちらの性別で過ごしたいかを聞き、それに沿った場の清掃を求めましょう
労働時間内で給与が発生しているなら社員による清掃は問題ないです
多分性自認関係なく、最初に言われた業務内容にないから〜とかの理由で清掃そのものを断っているんだと思います。
性自認とかで引っかかると変に会社側が萎縮すると思います。
そこは触らず、業務であることを淡々と伝えましょう