1万円札は「万札」でも被るものが少ないが、千円札を「千札」と呼ぶとややこしいからでは?
パッと思いつくだけでも千円札には「千社札」とか似た言葉が浮かぶので、千円札は「千円札」の方が略称として的確と感じる人が多かったのでは。
一方で1万円の方は「万札」でも被る語句が少ないので「万札」で定着したのでは。