電話は上司(一番伝えるべき人)に早く確実に伝わるし、申し訳なさを声音でアピールできる
更に、LINEは受け手側が確認しないと伝わらないのに対し、電話は受け手側に(伝達できたかの)責任がかかることはないため、急を要する時は電話の方が好まれます。
踏まえると一番いいのは電話を上司にしてからLINEでも報告する…ですかね。