ゲームにはストーリーはない
強いて言うなら「歴史改変を阻止するために過去に遡り、時間遡行軍を倒す」だけです
登場するキャラクター(刀剣)の名前を調べて「こういう刀なんだ〜」って分かると+αで楽しめるかもしれません